
【功能介紹】
“Premier”的主要功能分四大塊,其中有三種功能比較常用,即引物設(shè)計(jì)、限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)分析和DNA 基元(motif)查找。“Premier”還具有同源性分析功能,但并非其特長,在此略過。此外,該軟件還有一些特殊功能,其中最重要的是設(shè)計(jì)簡并引物,另外還有序列“朗讀”、DNA 與蛋白序列的互換、語音提示鍵盤輸入等等。有時需要根據(jù)一段氨基酸序列反推到DNA 來設(shè)計(jì)引物,由于大多數(shù)氨基酸(20 種常見結(jié)構(gòu)氨基酸中的18 種)的遺傳密碼不只一種,因此,由氨基酸序列反推DNA 序列時,會遇到部分堿基的不確定性。這樣設(shè)計(jì)并合成的引物實(shí)際上是多個序列的混和物,它們的序列組成大部分相同,但在某些位點(diǎn)有所變化,稱之為簡并引物。遺傳密碼規(guī)則因物種或細(xì)胞亞結(jié)構(gòu)的不同而異,比如在線粒體內(nèi)的遺傳密碼與細(xì)胞核是不一樣的?!癙remier”可以針對模板DNA 的來源以相應(yīng)的遺傳密碼規(guī)則轉(zhuǎn)換DNA 和氨基酸序列。軟件共給出八種生物亞結(jié)構(gòu)的不同遺傳密碼規(guī)則供用戶選擇,有纖毛蟲大核(Ciliate Macronuclear)、無脊椎動物線粒體(Invertebrate Mitochondrion)、支原體(Mycoplasma)、植物線粒體(Plant Mitochondrion)、原生動物線粒體(Protozoan Mitochondrion)、一般標(biāo)準(zhǔn)(Standard)、脊椎動物線粒體(Vertebrate Mitochondrion)和酵母線粒體(Yeast Mitochondrion)。
【使用技巧】
其主要功能在主界面上一目了然。限制性酶切點(diǎn)分析及基元查找功能比較簡單,點(diǎn)擊該功能按鈕后,選擇相應(yīng)的限制性內(nèi)切酶或基元(如-10序列,-35序列等),按確定即可。常見的限制性內(nèi)切酶和基元一般都可以找到。你還可以編輯或者添加新限制性內(nèi)切酶或基元。進(jìn)行引物設(shè)計(jì)時,打開DNA序列后點(diǎn)擊按鈕primer,出現(xiàn)“searchcriteria”窗口,有多種參數(shù)可以調(diào)整。搜索目的(SeachFor)有三種選項(xiàng),PCR引物(PCRPrimers),測序引物(SequencingPrimers),雜交探針(HybridizationProbes)。搜索類型(SearchType)可選擇分別或同時查找上、下游引物(Sense/Anti-sensePrimer,或Both),或者成對查找(Pairs),或者分別以適合上、下游引物為主(CompatiblewithSense/Anti-sensePrimer)。另外還可改變選擇區(qū)域(SearchRanges),引物長度(PrimerLength),選擇方式(SearchMode),參數(shù)選擇(SearchParameters)等等。使用者可根據(jù)自己的需要設(shè)定各項(xiàng)參數(shù)。如果沒有特殊要求,建議使用默認(rèn)設(shè)置。然后按search,隨之出現(xiàn)的SearchProgress窗口中顯示SearchCompleted時,再按OK,這時搜索結(jié)果以表格的形式出現(xiàn),有三種顯示方式,上游引物(Sense),下游引物(Anti-sense),成對顯示(Pairs)。默認(rèn)顯示為成對方式,并按優(yōu)劣次序(Rating)排列,滿分為100,即各指標(biāo)基本都能達(dá)標(biāo)。
點(diǎn)擊其中一對引物,如第1#引物,并把上述窗口挪開或退出,顯示“PeimerPremier”主窗口,所得結(jié)果分三部分,最上面是圖示PCR模板及產(chǎn)物位置,中間是所選的上下游引物的一些性質(zhì),最下面是四種重要指標(biāo)的分析,包括發(fā)夾結(jié)構(gòu)(Hairpin),二聚體(Dimer),錯誤引發(fā)情況(FalsePriming),及上下游引物之間二聚體形成情況(CrossDimer)。當(dāng)所分析的引物有這四種結(jié)構(gòu)的形成可能時,按鈕由變成,點(diǎn)擊該按鈕,在左下角的窗口中就會出現(xiàn)該結(jié)構(gòu)的形成情況。一對理想的引物應(yīng)當(dāng)不存在任何一種上述結(jié)構(gòu),因此最好的情況是最下面的分析欄沒有,只有。值得注意的是中間一欄的末尾給出該引物的最佳退火溫度,可參考應(yīng)用。
在需要對引物進(jìn)行修飾編輯時,如在5’端加入酶切位點(diǎn),可點(diǎn)擊,然后修改引物序列。若要回到搜索結(jié)果中,則點(diǎn)擊按鈕。如果要設(shè)計(jì)簡并引物,只需根據(jù)源氨基酸序列的物種來源選擇前述的八種遺傳密碼規(guī)則,反推至DNA序列即可。對簡并引物的分析不需像一般引物那樣嚴(yán)格??傊?,“Premier”有優(yōu)秀的引物自動搜索功能,同時可進(jìn)行部分指標(biāo)的分析,而且容易使用,是一個相當(dāng)不錯的軟件。
【破解方法】
安裝PrimerPremier6解壓crack,看里面有一個crack的txt文件,打開,按照上面的說明來操作。1.把crack這整個壓縮包剪切到軟件相應(yīng)目錄下:
PrimerPremier6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600
2.然后從電腦的“開始”中找到運(yùn)行,或直接按“windows+R”,輸入cmd,打開dos系統(tǒng)
3.輸入d:回車
4.然后輸入(鼠標(biāo)右鍵粘貼)
cd回車
5.再輸入“java-jarpatcher.jar”回車


































