mriCroN是一款非常專業(yè)的醫(yī)學(xué)影像分析軟件，mriCroN醫(yī)學(xué)影像分析軟件擁有許多專業(yè)的醫(yī)學(xué)影像分析功能，用戶們可以通過(guò)這款軟件將dcm格式的圖像轉(zhuǎn)換為nifti格式，讓醫(yī)學(xué)影像分析更加便捷。

【基本功能】

加載圖像和主信息面板
MRIcro可以瀏覽各種各樣的圖像格式，包括SPM分析格式。分析格式的圖像包括兩個(gè)部分：一個(gè)是包括原始圖像資料的img格式文件和一個(gè)描述圖像維度的hdr格式的文件。MRIcor的住信息面板顯示了頭文件的信息和一系列的按鈕這樣你就可以打開(kāi)瀏覽頭文件。
Open Analyze format hdr/img pair這個(gè)按鈕是你能有留言Analyze或者NIfTI格式的圖像。當(dāng)你按下這個(gè)按鈕的時(shí)候，一個(gè)是你選擇頭文件去打開(kāi)的對(duì)話會(huì)出現(xiàn)。MRIcro這時(shí)候就會(huì)試圖打開(kāi)一個(gè)郵箱頭名字的圖像文件。

【使用攻略】

1、將flair像的所有圖片放到一個(gè)文件夾里，命名為A
2、打開(kāi)MRIcro軟件
3、點(diǎn)擊“Import”在下拉框中選擇“convert foreign to analyze”(從上往下數(shù)第三個(gè))
會(huì)出彈出中間的對(duì)話框，在第一個(gè)框里{number of files}輸入文件夾A里的圖片的個(gè)數(shù)，本例中為18個(gè)
nifti格式怎么打開(kāi)
MRIcron軟件可以顯示NIFTI圖像
slice瀏覽面板是你可以選擇加載映像文件的表象?；瑒?dòng)選擇要顯示的片。(你可以在滑動(dòng)條右邊的編輯框編輯，或者請(qǐng)按Fn1/Fn2來(lái)觀察連續(xù)的上一個(gè)或者下一slice，也可以用鼠標(biāo)的滾輪來(lái)切換)。

【使用方法】

MRICron軟件的dcm2niigui.exe插件可以將其他格式的文件轉(zhuǎn)換為nifti格式，反之也可以轉(zhuǎn)換：
當(dāng)然，如果你熟悉MATLAB軟件也是可以通過(guò)這款軟件打開(kāi)文件的
而且MATLAB軟件這款軟件還可以顯示、保存、制作核磁共振圖像：
MRIcron的dcm2nii數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換
腦成像數(shù)據(jù)主要有DTI、fmri、3D三種模態(tài)。這些數(shù)據(jù)在分析前都要進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換，不同公司的掃描儀存儲(chǔ)格式也不盡相同。腦成像處理軟件也很多，不同軟件使用的格式也不一樣，所以數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換是腦成像數(shù)據(jù)處理的第一步，必須非常清楚。這里主要以siemens的機(jī)器為準(zhǔn)，介紹在windowx下的MRIcron的dcm2nii轉(zhuǎn)換和MRIConvert轉(zhuǎn)換.
從掃描中心下載的原始數(shù)據(jù)是以dicom數(shù)據(jù)格式存在的壓縮文件，解壓后，得到原始文件。來(lái)自siemens的掃描儀的原始文件以“IMA”下為后綴。對(duì)于功能像(fMRI)的數(shù)據(jù)，有多少個(gè)TR就有多少個(gè)IMA圖像文件，即每個(gè)IMA文件就是一個(gè)完整的volume;對(duì)于DTI數(shù)據(jù)，有n個(gè)方向，有m個(gè)b0像，就有n+m張IMA圖片，即n+m個(gè)完整的volume。當(dāng)然有的DTI數(shù)據(jù)有的只有一個(gè)b0像，有的有6個(gè)b0像之多。對(duì)于3D結(jié)構(gòu)像數(shù)據(jù)，如果掃描了128層，就會(huì)有128張IMA圖像，每張圖像就是一張slice，不是volume。
數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換后，主要有spm2之前使用的Analyze格式，以及fsl和spm5和spm8使用的NifTI_1格式。Analyze格式是成對(duì)的hdr和img文件表示一個(gè)3D的volume，而NifTI_1格式可以是3D也可以是4D的，同時(shí)可以是hdr和img成對(duì)文件，也可以是NifTI_1的nii一個(gè)文件。如下：Spm2使用3D Analyze hdr/img;spm5和spm8使用3D NifTI hdr/img.fsl使用NifTI_1的4D的nii格式。
目前數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換主要有MRIcron的dcm2nii轉(zhuǎn)換和MRIConvert轉(zhuǎn)換。
現(xiàn)在一一介紹一下：
在MRIcron的安裝目錄下，有一個(gè)dcm2nii.exe和dcm2niigui.exe，并且分別有：dcm2nii.nii和dcm2niigui.nii兩個(gè)配置文件。dcm2nii.exe是Dos的命令行操作，而dcm2niigui.exe是圖形界面。我們首先看一下配置文件，用Notepad軟件打開(kāi)，找到一下參數(shù)設(shè)置：
ManualNIfTIConv=1
EveryFile=1 #“1”目錄下所有文件都要進(jìn)行轉(zhuǎn)換
[INT]
MinReorientMatrix=255 #這個(gè)參數(shù)設(shè)置為255，不要改動(dòng)
MaxReorientMatrix=1023
其他的參數(shù)可以不用管，后面打開(kāi)界面的時(shí)候還可以進(jìn)行設(shè)置。點(diǎn)擊dcm2niigui.exe，就打開(kāi)了界面。
首先在output format中選擇輸出格式：spm5(3D NifTI hdr/img)或者conpressed fsl(4D NifTI nii)格式。
然后在下拉菜單help中點(diǎn)擊reference，設(shè)置輸出文件的名字，確保把不同被試的數(shù)據(jù)區(qū)分開(kāi)。另外一定勾上進(jìn)行圖像的reorient。這個(gè)參數(shù)比較重要，確定MinReorientMatrix=255后，這個(gè)參數(shù)表示只對(duì)3D結(jié)構(gòu)像進(jìn)行reorient.DTI和fMRI數(shù)據(jù)本身不能進(jìn)行reorient，這會(huì)破壞DTI和fMRI數(shù)據(jù)的圖像信息。DTI和fMRI數(shù)據(jù)的緯度都小于255。3D結(jié)構(gòu)像一般是256×256 matrix，fMRI 是64x64matrix 和DTI是128x128matrix。另外一個(gè)參數(shù)Recursive Folder Search Depth意思是遞歸轉(zhuǎn)換文件夾下幾級(jí)的文件夾中的數(shù)據(jù)。如“5”則表示當(dāng)前文件夾下的5級(jí)文件夾的數(shù)據(jù)也要一起轉(zhuǎn)換。這個(gè)可以根據(jù)你自己存放數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)填寫(xiě)。
然后從下拉菜單file中選擇DICOM to NifTI,瀏覽到原始數(shù)據(jù)所在文件夾，然后點(diǎn)擊確定，就開(kāi)始進(jìn)行數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換了。dcm2nii轉(zhuǎn)換完后，3D結(jié)構(gòu)像生成原文件、o開(kāi)頭、co開(kāi)頭的文件。其中o開(kāi)頭的文件主要是進(jìn)行了reorient的，而co是經(jīng)過(guò)切割了neck的。一般用于空間normalize都選用co開(kāi)頭的文件。Fmri的文件數(shù)是TR number乘以2,而DTI文件數(shù)則是(m+n)*2.